Конкурс має характер особистої першості. Переможці визначаються в кожній секції за сумою балів, отриманих учасниками в усіх розділах програми конкурсу.

• Перше місце не визначається, якщо учасник набрав менше 85 балів.
• Друге місце не визначається, якщо учасник набрав менше 80 балів.
• Третє місце не визначається, якщо учасник набрав менше 75 балів.

При рівності сум балів декількох учасників місця визначаються з урахуванням підсумків захисту науково-дослідницьких робіт.
Розподіл призових (перших, других і третіх) місць здійснюється з орієнтовним розподілом їх у співвідношенні 1:2:3.
Призери конкурсу нагороджуються дипломами I, II, III ступенів. Учасники конкурсу нагороджуються дипломами учасників

Результати проведення ІІІ етапу конкурсу затверджуються наказом МОН України.
Кращі роботи учасників конкурсу можуть бути відзначені спеціальними дипломами, відзнаками та призами.
Відповідно до Положення про стипендії Президента України для переможців Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів Малої академії наук України, затвердженого Указом Президента України від 16 травня 2006 року № 398, переможці та призери III етапу конкурсу в кількості 120 осіб відзначаються стипендіями Президента України.
Розмір стипендії визначається відповідними нормативними актами.
Призери конкурсу можуть бути нагороджені іншими спеціальними стипендіями установ, закладів, громадських і благодійних організацій та фондів.